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Das Spleißen des c-src N1 Exons in neuronalen Zellen hängt teilweise von einem intronischen Cluster von RNA-regulatorischen Elementen ab, der als downstream control sequence (DCS) bezeichnet wird. Mittels standortspezifischer Kreuzvernetzung, RNA-Gel-Verschiebung und DCS-RNA-Affinitätschromatographie-Assays charakterisierten wir die Bindung mehrerer Proteine an spezifische Stellen entlang der DCS-RNA. Heterogene nukleäre Ribonukleoprotein (hnRNP) H, Polypyrimidin-Trakt-Bindungsprotein (PTB) und KH-artiges splicing-regulatorisches Protein (KSRP) binden jeweils an unterschiedliche Elemente innerhalb dieser Sequenz. Wir identifizierten auch ein neues 60-kDa gewebespezifisches Protein, das an das CUCUCU Spleißrepressorelement der DCS-RNA bindet. Dieses Protein wurde gereinigt, teilweise sequenziert und kloniert. Das neue Protein (neuronal angereichertes Homolog von PTB nPTB) ist hoch homolog zu PTB. Im Gegensatz zu PTB ist nPTB im Gehirn und in einigen neuralen Zelllinien angereichert. Obwohl sie in der Sequenz ähnlich sind, zeigen nPTB und PTB signifikante Unterschiede in ihren Eigenschaften. nPTB bindet stabiler an die DCS-RNA als PTB, ist jedoch ein schwächerer Repressor des Spleißens in vitro. nPTB verbessert außerdem erheblich die Bindung von zwei anderen Proteinen, hnRNP H und KSRP, an die DCS-RNA. Diese Experimente identifizieren spezifische kooperative Wechselwirkungen zwischen den Proteinen, die sich auf eine komplexe splicing-regulatorische Sequenz assemblieren, und zeigen, wie diese hnRNP-Assemblierung in verschiedenen Zelltypen durch das Einbeziehen unterschiedlicher, aber hoch verwandter Proteine verändert wird.
Markovtsov et al. (Sun,) untersuchten diese Frage.