Die vollständige Genomsequenz des Arabidopsis- und Tomatenpathogens Pseudomonas syringae pv. tomato DC3000

Wir berichten über die vollständige Genomsequenz des Modellsbakterienpathogens Pseudomonas syringae pathovar tomato DC3000 (DC3000), das pathogen für Tomate und Arabidopsis thaliana ist. Das DC3000-Genom (6,5 Megabasen) enthält ein zirkuläres Chromosom und zwei Plasmide, die zusammen 5.763 ORFs codieren. Wir identifizierten 298 etablierte und vermutete Virulenzgene, einschließlich mehrerer Gencluster, die 31 bestätigte und 19 vorhergesagte Effektorproteine des Typ III-Sekretionssystems kodieren. Viele der Virulenzgene gehörten zu paralogen Familien und lagen auch in der Nähe mobiler Elemente, die zusammen 7% des DC3000-Genoms ausmachen. Das Bakterium besitzt ein großes Repertoire an Transportern zur Aufnahme von Nährstoffen, insbesondere Zucker, sowie Gene, die an der Anheftung an Pflanzenoberflächen beteiligt sind. Über 12% der Gene sind der Regulierung gewidmet, was möglicherweise den Bedarf an schneller Anpassung an die unterschiedlichen Umgebungen widerspiegelt, die während des epiphytischen Wachstums und der Pathogenese auftreten. Vergleichende Analysen bestätigten einen hohen Grad an Ähnlichkeit mit zwei sequenzierten Pseudomonaden, Pseudomonas putida und Pseudomonas aeruginosa, offenbarten jedoch 1.159 Gene, die einzigartig für DC3000 sind, von denen 811 keine bekannte Funktion haben.