Verwendung von Exonuklease III zur Bestimmung der Stelle stabiler Läsionen in definierten DNA-Sequenzen: Beispiele für das Cyclobutan-Pyrimidin-Dimer und Cis- und Trans-Dichlorodiammine-Platin II

Eine Methode zur Detektion chemisch stabiler Läsionen in DNA wurde entwickelt, indem Exonuklease III, eine doppelstrangspezifische Nuclease, verwendet wird, um 5'-end-beschriftete DNA abzubauen. Die Produkte, die auf DNA-Sequenzierungsgelen mit hoher Auflösung analysiert wurden, zeigen die Stellen der DNA-Modifikation. Cyclobutan-Pyrimidin-Dimer, die durch UV-Bestrahlung induziert werden, können durch den Vergleich der von Exonuklease III abgebauten Fragmente mit Fragmenten, die nach dem Abbau der DNA mit einer UV-spezifischen Endonuklease erhalten wurden, lokalisiert werden. Die Experimente zeigen, dass Exonuklease III eine Base vor den Cyclobutan-Pyrimidin-Dimeren stoppt. Ähnliche Experimente mit Cis- und Trans-Dichlorodiammine-Platin (II) zeigten, dass Modifikationen der DNA durch diese Agenzien ebenfalls den Abbau durch Exonuklease III behindern. Im Allgemeinen wurden die gleichen Stop-Stellen für Cis- und Trans-Platin-Addukte gefunden. Sie treten an Stellen von Guaninbasen auf. Zusätzliche Stop-Stellen wurden für Cis-Platin an Stellen benachbarter Guaninbasen gefunden. Diese Ergebnisse stehen im Einklang mit dem Modell, dass Cis-Platin Intrastrang-Guanin-Guanin-Dimer bildet, während Trans-Platin dies nicht tut.