Ein Computerprogramm zur schnellen Screening von HIV Typ 1 Intersubtyp rekombinanten Sequenzen

Die Erkennung rekombinanter Genome, die die genetisch unterschiedlichen HIV-1 Subtypen betreffen, ist ein aktuelles Problem von enormer Bedeutung1-3; wenn eine solche Intersubtyp-Rekombination mit bemerkenswerter Häufigkeit auftritt, wird die bereits beträchtliche Herausforderung, Impfstoffe gegen mehrere Subtypen zu entwickeln, weiter kompliziert. Hier beschreiben wir eine einfache und schnelle heuristische Methode zur Erkennung rekombinanter Sequenzen (oder allgemeiner, mosaikartiger Sequenzen) und ihre Anwendung auf die env- und gag-kodierenden Sequenzen in der HIV Sequenzdatenbank.4 Das entwickelte Computerprogramm, genannt Recombinant Identification Program (RIP), bietet schnell Zusammenfassungsinformationen, die große Mengen von Sequenzen beschreiben (z. B. Tabelle 1), und detailliertere Ausgaben, die bestimmte Sequenzen beschreiben (z. B. Abb. 1). Zwei Sequenzsätze mit kompatiblen Ausrichtungen sind als Eingabe erforderlich: eine "Hintergrund"-Ausrichtung mit Subtypbezeichnungen (derzeit wurden HIV-1 Subtypen A-H definiert4) und eine Ausrichtung der Abfragesequenzen, die nacheinander gescannt werden sollen. Ausrichtungen können entweder von Nukleotid- oder Aminosäuresequenzen sein. Der RIP erzeugt zuerst eine Konsenssequenz, um jeden Subtyp darzustellen, wie im Hintergrund-Alignment dargestellt. Eine Konsensschwellenoption ermöglicht es dem Benutzer, eine minimale Häufigkeit für das häufigste Zeichen an einer bestimmten Position auszuwählen.