Ty3 s'intègre dans la région de l'initiation de la transcription de l'ARN polymérase III.

Plus de 190 insertions indépendantes dans des plasmides cibles de l'élément semblable à un rétrovirus Ty3 ont été récupérées et cartographiées. Il a été démontré que Ty3 s'insère en amont des gènes tRNA, 5S et U6, qui sont tous transcrits par l'ARN polymérase III. Les sites d'intégration étaient à moins de 1 à 4 nucléotides de la position de l'initiation de la transcription, même pour un gène mutant où le site d'initiation de la polymérase III a été déplacé dans un contexte complètement nouveau. La mutagenèse d'un gène cible tRNA SUP2 a montré que l'intégration requérait des éléments promoteurs fonctionnels, mais qu'elle ne corrélait pas de manière simple avec la transcription cible. Il s'agit du premier rapport liant directement une fonction génomique discrète avec l'insertion préférentielle d'un rétrotransposon.