Übersicht über die Bakterienbiotop-Aufgabe beim BioNLP Shared Task 2016

Dieses Papier präsentiert die Bakterienbiotop-Aufgabe des BioNLP Shared Task 2016, die auf den vorherigen Ausgaben von 2013 und 2011 basiert. Die Aufgabe konzentriert sich auf die Extraktion der Standorte (Biotopen und geografischen Orten) von Bakterien aus PubMed-Zusammenfassungen und die Charakterisierung von Bakterien und ihren assoziierten Lebensräumen in Bezug auf Referenzwissensquellen (NCBI-Taxonomie, OntoBiotope-Ontologie). Die Aufgabe wird durch die Bedeutung des Wissens über Bakterienlebensräume für die grundlegende Forschung und Anwendungen in der Mikrobiologie motiviert. Das Papier beschreibt die verschiedenen vorgeschlagenen Unteraufgaben, die Merkmale des Korpus, die Organisation der Herausforderung und die Evaluierungsmetriken. Wir bieten auch eine Analyse der von den Teilnehmern erzielten Ergebnisse an.