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Angesichts der Bedeutung von peptidvermittelten Proteininteraktionen in zellulären Prozessen hat das Protein-Peptid-Docking zunehmend an Aufmerksamkeit gewonnen. Hier haben wir einen hierarchischen flexiblen Peptid-Docking-Ansatz entwickelt, der auf einer schnellen Erzeugung und dem Ensemble-Docking von Peptidkonformationen basiert und als HPepDock bezeichnet wird. Getestet an dem LEADS-PEP-Benchmark-Datensatz von 53 vielfältigen Komplexen mit Peptiden von 3-12 Resten, schnitt HPepDock signifikant besser ab als die 11 Docking-Protokolle von fünf kleinen Moleküldocking-Programmen (DOCK, AutoDock, AutoDock Vina, Surflex und GOLD) bei der Vorhersage nahe-nativer Bindungskonformationen. HPepDock wurde auch an den 19 gebundenen/ungebundenen und 10 ungebundenen/ungebundenen Protein-Peptid-Komplexen des Glide SP-PEP-Benchmarks bewertet und zeigte insgesamt eine bessere Leistung als Glide SP-PEP+MM-GBSA und FlexPepDock sowohl beim gebundenen als auch beim ungebundenen Docking. HPepDock ist recheneffizient, und die durchschnittliche Laufzeit für das Docking eines Peptids beträgt ∼15 Minuten mit einem Bereich von etwa 1 Minute für kurze Peptide bis etwa 40 Minuten für lange Peptide.
Zhou et al. (Tue,) untersuchten diese Frage.