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Les microorganismes comensaux dans l'intestin des mammifères jouent des rôles importants dans la santé et la physiologie de l'hôte, mais un défi central reste d'atteindre une compréhension mécaniste détaillée des contributions microbiennes spécifiques à la biochimie de l'hôte. De nouvelles approches basées sur la fonction sont nécessaires pour analyser la fonction microbienne intestinale au niveau moléculaire en couplant la détection et les mesures de l'activité biochimique in situ avec l'identification des microbes et des enzymes responsables. Nous avons développé une plateforme utilisant des sondes basées sur l'activité sélective de la β-glucuronidase pour détecter, isoler et identifier les sous-populations microbiennes dans l'intestin responsables de ce métabolisme xénobiotique. Nous constatons que l'activité métabolique du microbiote intestinal peut être plastique et qu'entre les individus et lors de perturbations, des populations phylogénétiquement disparates peuvent fournir une activité de β-glucuronidase. Notre travail relie l'activité biochimique à une résolution à l'échelle moléculaire sans dépendre de l'inférence génomique.
Whidbey et al. (jeu,) ont étudié cette question.