Entzündungshemmende mikrobielle Stoffwechselwege sind während von Schüben der Morbus Crohn reduziert.

HINTERGRUND UND ZIELE: Morbus Crohn (CD) ist eine chronische entzündliche Erkrankung des Magen-Darm-Traktes, die durch wechselnde Phasen von Verschlechterung und Remission gekennzeichnet ist. Wir haben die Hypothese aufgestellt, dass Veränderungen im Mikrobiom des Darms mit CD-Schüben assoziiert sind, und haben daher angestrebt, mehrere Merkmale des Mikrobioms mit der Erkrankungsaktivität von CD zu korrelieren. METHODEN: Daten des Stuhlmikrobioms, die mittels Ganzgenom-Metagenom-Sekundärsequenzierung von 196 CD-Patienten generiert wurden, wurden aus der 1000IBD Kohorte gewonnen, wobei eine Probe pro Patient entnommen wurde. Der Erkrankungsaktivitätsstatus der Patienten zum Zeitpunkt der Probenahme wurde durch eine erneute Bewertung der klinischen Unterlagen drei Jahre nach der Stuhlprobenentnahme ermittelt. Stuhlproben wurden als 'während eines Schubs' oder 'in Remission' klassifiziert. Proben, die 'in Remission' entnommen wurden, wurden weiter als 'vor dem nächsten Schub' oder 'nach dem letzten Schub' kategorisiert, basierend auf dem Schub, der zeitlich am nächsten zum Datum der Stuhlprobenproduktion lag. Die CD-Aktivität wurde mit der mikrobielle Zusammensetzung des Darms und vorhergesagten funktionalen Stoffwechselwegen mittels logistischer Regressionen unter Verwendung von MaAsLin-Software korreliert. ERGEBNISSE: Insgesamt waren 105 bakterielle Stoffwechselwege während des CD-Schubs reduziert (Fehlerentdeckungsrate FDR <0,1) im Vergleich zum Mikrobiom des Darms von Patienten sowohl vor als auch nach einem Schub. Die meisten dieser reduzierten Wege haben entzündungshemmende Eigenschaften und fördern die Biosynthese und Fermentation verschiedener Aminosäuren (Tryptophan, Methionin und Arginin), Vitamine (Riboflavin und Thiamin) sowie kurzkettige Fettsäuren (SCFAs). SCHLUSSFOLGERUNGEN: CD-Schübe sind mit einer Abnahme der mikrobiellen Gene verbunden, die an der Biosynthese der entzündungshemmenden Mediatoren Riboflavin, Thiamin und Folsäure sowie SCFAs beteiligt sind, was darauf hindeutet, dass eine Erhöhung der intestinalen Abundanzen dieser Mediatoren neue Behandlungsmöglichkeiten bieten könnte. Diese Ergebnisse wurden durch bioinformatische Analysen von Querschnittsdaten generiert und müssen durch Zeitreihen- und Laborversuche repliziert werden.