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Computational Techniken wie strukturbasierte virtuelle Screenings erfordern sorgfältig vorbereitete 3D-Modelle potenzieller kleiner Molekülliganden. Obwohl leistungsfähig, haben bestehende kommerzielle Programme zur Vorbereitung virtueller Bibliotheken restriktive und/oder teure Lizenzen. Freizugängliche Alternativen, die oft effektiv sind, berücksichtigen nicht alle möglichen Ionisierungs-, Tautomer- und Ringkonformationsvarianten vollständig. Wir präsentieren hier Gypsum-DL, ein kostenloses, robustes Open-Source-Programm, das diese Herausforderungen angeht. Als Eingabe akzeptiert Gypsum-DL virtuelle Verbindungenbibliotheken im SMILES- oder flachen SDF-Format. Für jedes Molekül in der virtuellen Bibliothek enumeriert es geeignete Ionisierungs-, Tautomer-, chirale, cis/trans-isomerische und ringkonformationale Formen. Als Ausgabe erstellt Gypsum-DL eine SDF-Datei, die jede molekulare Form mit zugewiesenen 3D-Koordinaten enthält. Um seine Nützlichkeit zu demonstrieren, haben wir 1558 Moleküle aus dem NCI-Diversity-Set VI und 56.608 Moleküle aus einer Distributed Drug Discovery (D3) kombinatorischen virtuellen Bibliothek verarbeitet. Wir haben auch 4463 hochwertige Protein-Ligand-Komplexe aus der PDBBind-Datenbank verwendet, um zu zeigen, dass die Verarbeitung durch Gypsum-DL die Vorhersage der Posen im virtuellen Screening verbessern kann. Gypsum-DL ist kostenlos unter den Bedingungen der Apache License, Version 2.0 verfügbar.
Ropp et al. (Fri,) haben diese Frage untersucht.