Plateforme de PCR quantitative hautement multiplexée pour l'évaluation des réponses immunitaires chez le poulet

Pour répondre au besoin d'essais sensibles et à haut débit pour analyser les réponses immunitaires innées et adaptatives des oiseaux, nous avons développé et validé un système de qPCR hautement multiplexé 96.96 Fluidigm Dynamic Array pour analyser la transcription des gènes liés à l'immunité chez le poulet. Ce système microfluidique permet l'analyse simultanée de l'expression de 96 transcrits dans 96 échantillons lors de réactions de 6 nanolitres, et les 9 216 réactions sont prêtes à être interprétées immédiatement. Un panneau de 89 gènes a été sélectionné à partir d'une analyse RNA-seq de la réponse transcriptionnelle des macrophages, des cellules dendritiques et des hétérophiles chez le poulet aux agonistes de l'immunité innée et des données de transcriptome publiées. Les essais ont été confirmés comme étant hautement spécifiques par séquençage d'amplicons et analyse des courbes de fusion, et les étapes de transcription inverse et de préamplification ont été optimisées. L'array a été appliqué à l'ARN de divers tissus d'une lignée commerciale de poulets de chair élevés à deux niveaux différents de biosécurité. Les tissus lymphoïdes associés à l'intestin, la bourse, la rate et les leucocytes du sang périphérique ont été isolés, et les niveaux de transcrits pour les gènes liés à l'immunité ont été définis. Les résultats ont identifié les cellules sanguines comme un indicateur potentiellement fiable des réponses immunitaires parmi tous les tissus testés, avec le plus grand nombre de gènes significativement transcrits différemment entre les oiseaux élevés sous différents niveaux de biosécurité. L'analyse conventionnelle de qPCR de trois gènes transcrits différemment a confirmé les résultats obtenus à partir de l'array qPCR multiplexé. Une plateforme de PCR quantitative hautement multiplexée pour l'évaluation des réponses immunitaires chez le poulet a été optimisée et validée en utilisant des échantillons de poulets commerciaux. En plus des applications dans les programmes de sélection sélective, l'array pourrait être utilisé pour analyser l'interaction complexe entre le système immunitaire aviaire et les pathogènes, en incluant des sondes spécifiques aux pathogènes, pour dépister les réponses aux vaccins et comme outil prédictif pour la robustesse immunitaire.