Erforschung des Potenzials und der Grenzen von PCR-RFLP und PCR-SSCP zur SNP-Erkennung: Eine Übersicht

Die Polymerase-Kettenreaktion – Einzelstrang-Konformations-Polymorphismus (PCR-SSCP) und PCR – Restriktionsfragment-Längen-Polymorphismus (PCR-RFLP) sind zwei unabhängige Methoden, die in der Genotypisierung von DNA-Variationen nach der Amplifikation verwendet werden. Beide Techniken kommen in einem breiten Spektrum von Screening-Anwendungen zur Charakterisierung von Einzel-Nukleotid-Polymorphismen (SNPs) zum Einsatz. Mit PCR-SSCP kann ein potenziell ursächlicher unbekannter SNP identifiziert werden, der durch PCR-RFLP nicht identifiziert werden konnte. Da jedoch komplizierte Schritte zur Durchführung von PCR-RFLP nicht erforderlich sind, wird es in vielen Anwendungen verwendet. Andererseits ist PCR-RFLP hinsichtlich Zeit und Übergabeerfahrung einfacher zu bearbeiten, die Erkennung eines bestimmten unbekannten SNP durch PCR-SSCP hat jedoch weitere Chancen. Die Einfachheit von PCR-RFLP bedeutet nicht, dass es besser ist als PCR-SSCP. Der Grund dafür ist die begrenzte Fähigkeit von PCR-RFLP zur Erkennung von Nukleotidvariationen, die oft unentdeckt bleiben, da jedes Restriktionsenzym (RE) nur einige wenige Erkennungssequenzen scannt und andere Sequenzen ignoriert. Darüber hinaus wird die Wirksamkeit von PCR-SSCP manchmal durch zahlreiche Optimierungen und auch durch mangelnde Erfahrung behindert. Da PCR-SSCP es ermöglicht, andere Sequenzen innerhalb eines Amplicons zu trennen und zu charakterisieren, hängt die Wahl zwischen PCR-RFLP und PCR-SSCP weitgehend von den Gründen für jedes Genotypisierungsexperiment ab. Diese Übersicht bietet einen nützlichen Leitfaden zum Vergleich von PCR-RFLP und PCR-SSCP in Bezug auf ihre Konzepte, Effizienz, Benutzerfreundlichkeit, Interpretation und Sensitivität sowie mehrere andere Parameter. Der Vergleich wird auf die praktischen Anwendungen beider Techniken in Bezug auf ihre Nutzung in der molekularen Diagnostik und verwandten Anwendungen ausgeweitet.