Nahezu vollständige Genomassemblierung der Tomate (Solanum lycopersicum) Sorte Micro-Tom

Wir präsentieren eine nahezu vollständige Genomassemblierung der Tomate (Solanum lycopersicum) Sorte Micro-Tom, die als Modellsorte für die Obstforschung anerkannt ist. Die Genom-DNA von Micro-Tom, bereitgestellt vom National BioResource Project (NBRP) Tomato in Japan, wurde sequenziert, um 72 Gb hochpräziser langer Reads zu erhalten. Diese Reads wurden zu 140 Contigs zusammengesetzt, die sich über 832,8 Mb erstrecken, mit einer N50-Länge von 39,6 Mb. Die Contigs wurden gegen die Referenzgenomsequenz der Tomate SL4.0 ausgerichtet, um eine Chromosomenebene Assemblierung zu etablieren. Die Genomassemblierung von Micro-Tom enthielt 98,5 % vollständige BUSCOs und insgesamt 31.429 Gene. Eine vergleichende Analyse der Genomstruktur zeigte, dass Micro-Tom einen Cluster ribosomaler DNA-Gene aufweist, der sich über einen 15 Mb langen Abschnitt am kurzen Arm von Chromosom 2 erstreckt. Diese Region wurde in den Genomassemblierungen zuvor sequenzierter Tomatensorten nicht gefunden, möglicherweise wegen der Unfähigkeit früherer Technologien, solch repetitive DNA zu sequenzieren. Zusammenfassend würde die in dieser Studie berichtete nahezu vollständige Genomassemblierung von Micro-Tom die Genom- und Genetikforschung zur Tomate voranbringen und die Züchtung verbesserter Tomatensorten erleichtern.