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L'impact probiotique des microbes sur le métabolisme et la santé de l'hôte dépend à la fois de la génétique de l'hôte et de la variation génomique bactérienne. Faecalibacterium prausnitzii est le commensal intestinal humain prédominant qui émerge comme un probiotique de nouvelle génération. Bien que cette bactérie présente une diversité intra-espèces substantielle, il n'est pas clair si des souches génétiquement distinctes de F. prausnitzii pourraient conduire à des différences fonctionnelles dans le microbiome intestinal. Ici, nous avons isolé et caractérisé une nouvelle souche de F. prausnitzii (UT1) qui appartient au clade phylogénétique le plus prédominant mais sous-estimé dans la population humaine mondiale. L'analyse du génome a montré que cet isolate producteur de butyrate porte de nombreux éléments génétiques mobiles putatifs, un système de défense spécifique au clade, et une gamme d'enzymes cataboliques des glucides. Des approches multiomiques ont été utilisées pour profiler l'impact de UT1 sur le microbiome intestinal et l'activité métabolique associée des souris C57BL/6 en équilibre. À la fois le séquençage 16S rRNA et le séquençage métagénomique ont démontré que l'administration orale de UT1 a entraîné des changements profonds de la composition microbienne, y compris un enrichissement significatif de Lactobacillus, Bifidobacterium et Turicibacter. Le profilage fonctionnel des métagénomes fécaux a révélé une abondance nettement plus élevée des enzymes actives sur les glucides (CAZymes) chez les souris gavées de UT1. En conséquence, le microbiote conditionné par UT1 possédait une capacité accrue à utiliser l'amidon in vitro et présentait une disponibilité réduite de glucides accessibles au microbiote dans l'intestin. Une analyse plus approfondie a révélé un réseau fonctionnel dans lequel UT1 a réduit l'abondance des CAZymes et microbes dégradant la mucine, ce qui était corrélé avec une réduction concomitante des glycanes de mucine fécale. Collectivement, nos résultats révèlent un rôle crucial de UT1 dans la facilitation du métabolisme des glucides du microbiome intestinal et élargissent notre compréhension de la diversité génétique et phénotypique de F. prausnitzii.
Geng et al. (mercredi,) ont étudié cette question.