用于基准测试炼金术结合自由能计算方法的模块化和互操作工作流程

炼金术自由能方法在计算机辅助药物发现中获得了关注。一系列扩展的方法可用于相对结合自由能（RBFE）计算的设置、执行和分析。然而，不同组织开发的算法和协议的共享常常受到不兼容的软件和过时的文件格式的阻碍。在本研究中，我们利用BioSimSpace框架构建了模块化和互操作的RBFE工作流程。我们在一组六个蛋白-配体同系系列的基准测试中评估了社区开发的各种设置、模拟和分析工具的性能，并就RBFE方法在药物发现中的可靠应用提供了最佳实践的建议。