O banco de dados MEROPS de enzimas proteolíticas, seus substratos e inibidores em 2017 e uma comparação com peptidases no banco de dados PANTHER

O banco de dados MEROPS (http://www.ebi.ac.uk/merops/) é uma fonte integrada de informações sobre peptidases, seus substratos e inibidores. A classificação hierárquica é: proteína-espécie, família, clã, com um identificador em cada nível. O site MEROPS foi transferido para o EMBL-EBI em 2017, exigindo refatoração da base de código e dos serviços fornecidos. A interface para busca de sequências mudou e as bibliotecas de sequências de proteínas MEROPS podem ser pesquisadas no EMBL-EBI com HMMER, FastA e BLASTP. Referências cruzadas foram estabelecidas entre o MEROPS e o banco de dados PANTHER em ambos os níveis de família e proteína-espécie, o que ajudará a melhorar a curadoria e a cobertura entre os recursos. Devido ao aumento do tamanho da coleção de sequências do MEROPS, no futuro apenas sequências de proteínas caracterizadas e de genomas completamente sequenciados de organismos de importância evolutiva, médica ou comercial serão adicionadas. Como exemplo, homólogos de peptidase em quatro proteomas do superfilo Asgard de Archaea foram identificados e comparados a outros proteomas de arqueias, bactérias e eucariotos. Isso proporcionou insights sobre as origens e evolução das famílias de peptidases, incluindo uma expansão no número de componentes do proteassoma em arqueias do Asgard à medida que os organismos aumentam em complexidade. Novas estruturas para complexos de proteassoma em arqueias são postuladas.