Detecção e Polarização da Introgressão em uma Filogenia de Cinco Táxons

Quando múltiplos eventos de especiação ocorrem rapidamente em sucessão, genealogias discordantes devido à separação incompleta de linhagens (ILS) podem complicar a detecção de introgressão. Uma variedade de métodos, incluindo a estatística da Fórmula: ver texto (também conhecida como o "teste ABBA-BABA"), foi proposta para inferir a introgressão na presença de ILS para um clado de quatro táxons. No entanto, não existe um método integrado para detectar a introgressão usando padrões alélicos para filogenias mais complexas. Aqui exploramos as questões associadas a sistemas anteriores de aplicação da estatística da Fórmula: ver texto para uma topologia de árvore maior, e propomos novos testes da Fórmula: ver texto como uma estrutura integrada para inferir tanto os táxons envolvidos quanto a direção da introgressão para uma filogenia simétrica de cinco táxons. Usando teoria e simulações, mostramos que as estatísticas da Fórmula: ver texto identificam corretamente as linhagens doadoras e receptoras de introgressão, mesmo em baixas taxas de introgressão. A Fórmula: ver texto também mostrou ter taxas de falso positivo extremamente baixas. Os testes da Fórmula: ver texto são computacionalmente baratos de calcular e podem ser facilmente aplicados a conjuntos de dados filogenômicos, tanto em todo o genoma quanto em janelas do genoma. Além disso, exploramos tanto os princípios quanto os problemas da detecção de introgressão em filogenias ainda mais complexas.