Montando milhões de sequências curtas de DNA usando SSAKE

DESCONHECIDO: Novas tecnologias de sequenciamento de DNA com o potencial de até três ordens de magnitude mais capacidade de sequenciamento do que o sequenciamento convencional de Sanger estão emergindo. O instrumento agora disponível da Solexa Ltd, produz milhões de sequências curtas de DNA de 25 nt cada. Devido a repetições onipresentes em grandes genomas e à incapacidade de sequências curtas de caracterizá-los de forma única e inequívoca, o comprimento curto da leitura limita a aplicabilidade para sequenciamento de novo. No entanto, dada a profundidade de sequenciamento e a capacidade deste instrumento, uma montagem rigorosa de sequências altamente idênticas pode ser alcançada. Descrevemos o SSAKE, uma ferramenta para montar agressivamente milhões de sequências curtas de nucleotídeos, pesquisando progressivamente através de uma árvore de prefixos pela maior sobreposição possível entre quaisquer duas sequências. O SSAKE é projetado para ajudar a aproveitar as informações das leituras de sequências curtas, montando-as rigorosamente em sequências contíguas que podem ser usadas para caracterizar novos alvos de sequenciamento. DISPONIBILIDADE: http://www.bcgsc.ca/bioinfo/software/ssake.