Rosaceae的Maleae物种在全基因组重复后亚基因组的分歧与功能创新。

全基因组重复（WGD）通过诱导核型重排和通过亚基因组分化导致基因丧失，从而推动植物进化。本研究探讨了Rosaceae中WGD后的进化动态，重点关注经历了额外WGD的Maleae物种。通过系统发育和顺序分析，我们揭示了染色体断裂点作为局部分化的热点，促成了同源起源模糊，并影响基因保留模式。在此，我们重建了Rosaceae亚科的核型进化，突出了Dryadoideae、Rosoideae和Amygdaloideae中的染色体减少和谱系特异性重排。我们还发现，在后续的多倍体事件中，保留转录因子和与激素相关基因的偏向存在于较早的WGD中。转录组分析将Maleae物种（如苹果和枇杷）中的WGD衍生基因分类为三种表达组，其中富含激素的基因在木质化和水果相关创新中发挥作用。这些发现展示了染色体断裂点、偏向保留和功能分化之间的相互作用，揭示了它们对Maleae的基因组和表型进化及其在Rosaceae中的适应成功的贡献。