与结核分枝杆菌感染相关的TARM1基因的细胞和分子网络特征

结核病（TB）是全球性的传染威胁，多重耐药性结核病的出现已成为消灭该疾病的一大挑战，因此需要发现新的治疗策略。本研究旨在基于生物信息学分析阐明与髓系细胞1（TARM1）相关基因的T细胞相互作用激活受体的免疫浸润和分子调控网络。GSE114911数据集来自基因表达体库（GEO），经过筛选识别出17个与TARM1相关的差异表达基因（TRDEGs）。使用基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析对与TRDEGs相互作用的基因进行了分析。通过基因集富集分析（GSEA）识别出与结核分枝杆菌（Mtb）感染显著相关的生物通路。关键基因基于Cytoscape的cytoHubba插件获得。此外，通过STRING分析蛋白–蛋白相互作用（PPI）网络，同时利用StarBase v3.0和ChIPBase数据库开发mRNA–RNA结合蛋白（RBP）和mRNA–转录因子（TF）相互作用网络。此外，关键基因的诊断意义通过受试者工作特征（ROC）曲线进行评估，免疫浸润通过ssGSEA和MCPCounter进行了分析。在独立的GSE139825数据集中确认了在GSE114911数据集中识别的关键基因。通过cytoHubba插件的差异表达分析共获得17个TRDEGs和8个关键基因。GO和KEGG分析显示这些基因涉及NF-κB、PI3K/Akt、MAPK和其他与炎症和能量代谢相关的通路。此外，ssGSEA和MCPCounter分析显示在Mtb感染组中，激活T细胞和T辅助细胞显著增多，这些细胞与这些关键基因明显相关。这表明它们在抗Mtb反应中的潜在意义。总之，我们的结果表明TRDEGs与炎症、能量代谢和免疫细胞相关，为阐明TB发病机制提供了新的见解，并支持对TARM1在TB中可能的分子作用的进一步研究，同时帮助识别潜在的诊断生物标志物。