乌干达急性发热病因不明患者血浆RNA的宏基因组下一代测序诊断

宏基因组下一代测序（mNGS）已被证明是一种在诊断和识别新型人类病原体及常规临床微生物检测未能识别的病原体中有用的工具。在本研究中，我们应用mNGS对来自乌干达穆本德和阿鲁阿三级转诊医院的42名急性发热病因不明（AFI）研究参与者分离的血浆RNA进行了特征性分析。研究参与者的选择基于提示病毒感染的临床标准（即，血小板减少症、白细胞减少症）。研究人群的中位年龄为28岁（IQR: 24至38.5），中位血小板计数为114 x 10^3细胞/mm³（IQR: 66,500至189,800）。每个样本生成大约2500万100 bp的读取。在10名（23.8%）研究参与者中，我们识别到来自多种病毒、细菌、真菌或寄生虫的强信号。这些包括广为人知的病原体，如幽门螺杆菌、人类疱疹病毒-8、恶性疟原虫、淋病奈瑟菌及康氏立克次体。我们进一步通过PCR检测和桑格测序确认了康氏立克次体感染，它是地中海斑点热（MSF）的病因。这是第一次报告证实了撒哈拉以南非洲（SSA）住院MSF病例的分子确认。需要进一步研究以确定mNGS在类似环境中进行疾病监测的实用性.