基于药效团的虚拟筛选、分子对接和分子动力学模拟对C. koseri ATP合成酶抑制剂的计算探索

柠檬酸杆菌（Citrobacter koseri）是一种革兰氏阴性杆菌，主要引起具有显著合并症和免疫功能低下者的感染。抗生素耐药株日益普遍，这使得感染治疗更加复杂，并突显了开发新型有效药物以对抗这些耐药株的必要性。酶复合物ATP合成酶参与腺苷三磷酸（ATP）的合成，ATP是细胞的基本能量货币。本研究采用计算机辅助药物设计方法来识别C. koseri ATP合成酶的潜在抑制剂。使用SWISS-MODEL预测C. koseri ATP合成酶的三维结构。基于配体的药效团模型是使用青霉素的化学特征开发的。在对九个数据库进行基于配体的虚拟筛选后，筛选到的2043个候选化合物被使用GLIDE工具的标准精度模式对接到ATP合成酶的活性位点。根据它们的结合亲和力，选择前十个化合物进行进一步研究。所选化合物的结合亲和力范围为-10.021到-8.452 kcal/mol。选择了具有最佳ADMET特性和结合模式的前四个化合物（PubChem-25230613、PubChem-74936833、CHEMBL263035、PubChem-44208924）。因此，所选化合物的可行结合机制通过分子动力学模拟研究进行了稳定性分析，显示这些化合物在蛋白质结合口袋内作为强效抑制剂的稳定性。这种计算方法为新型治疗药物的合理设计提供了重要洞见，并强调在对抗抗生素耐药病原体时，靶向重要代谢通路的重要性。未来需对识别的抑制剂进行实验验证和优化，以确定其临床使用的有效性和安全性。