16S rRNA基因下一代测序和培养方法在临床标本中检测细菌的性能

有效治疗感染性疾病需要迅速且准确的细菌识别和量身定制的抗微生物治疗。传统培养方法被认为是金标准，但对于挑剔和难以生长的微生物，其有效性下降。近年来，分子诊断工具如16S rRNA基因下一代测序（16S NGS）在这一领域逐渐受到青睐。我们分析了2022年7月至2023年7月在意大利的的里雅斯特高级转化微生物学系提交的样本数据。研究包括提交用于基于培养的识别和16S NGS的样本。培养采用常规培养基，细菌识别使用MALDI-TOF质谱进行。使用Ion PGM平台对16S rRNA基因的V3区域进行测序。在提交的123个样本中，排液（38%）和血液（23%）最为常见，请求主要来自传染病（31.7%）和骨科（21.13%）单元。在从确认感染的患者收集的样本中，16S NGS在超过60%的案例中显示了诊断效用，21%的情况下确认了培养结果，40%的情况下提供了增强检测。在71名在采样前接受过抗生素治疗的患者中（平均2.3天抗生素用药），采样前的抗生素消耗并未显著影响16S NGS的敏感性。在常规微生物实验室中，将16S NGS与培养方法结合使用可以提高微生物诊断的敏感性，即使在抗生素治疗期间进行采样时也是如此。