沙门氏菌噬菌体的基因组和表型分析揭示了两种新噬菌体物种

噬菌体（phages）是对公共健康重要病原体的化学抗微生物剂的潜在替代品。了解噬菌体的多样性和宿主特异性对开发有效的噬菌体生物控制方法至关重要。在这里，我们评估了从污水处理厂分离的八种沙门氏菌噬菌体的宿主范围、形态学和遗传多样性。宿主范围分析显示，在测试的43种沙门氏菌分离株中，八种噬菌体中有六种对超过81%的分离株产生溶菌效应。所有噬菌体的基因组序列均已确定。全基因组测序（WGS）数据显示，噬菌体基因组大小范围为41到114 kb，GC含量在39.9%到50.0%之间。两个噬菌体SB13和SB28被国际病毒分类委员会（ICTV）根据基于基因组的分类指定为新物种Epseptimavirus SB13和属Macdonaldcampvirus。一个噬菌体（SB18）属于Myoviridae形态类型，而其余噬菌体属于Siphoviridae形态类型。基因内容分析显示，没有任何噬菌体具有毒力、毒素、抗生素抗性、I–VI型毒素-抗毒素模块或溶原性基因。八种噬菌体中有三种（SB3、SB15和SB18）具有尾刺蛋白。与113个同源物的全基因组基于的系统发育分析显示出A、B和C三个簇以及七个亚簇（A1、A2、A3、B1、B2、C1和C2）。尽管C1簇中的噬菌体主要从动物来源分离出，但B簇则包含来自污水和动物来源的噬菌体。这些噬菌体广泛的宿主范围突显了它们在控制食品中沙门氏菌存在的潜在用途。