用于激光显微切割引导的超灵敏蛋白组学的自动化快速样本准备工作流程

整合全幻灯片成像、激光显微切割和超灵敏质谱的空间组织蛋白组学是一种将细胞表型与功能蛋白组状态（病理）生理学联系起来的强大方法。为了适用于大型患者队列和低样本输入量，包括单细胞应用，减少损失和优化的端到端工作流程是关键。我们在这里介绍了一种用于激光显微切割样本的自动化样本准备协议，利用cellenONE机器人系统，该系统能够在3小时内处理192个样本。在将激光显微切割采集直接送入proteoCHIP LF 48或EVO 96芯片后，我们优化的协议促进了低输入归档组织样本的裂解、甲醛去交联和胰蛋白酶消化。通过离心与Evosep ONE LC系统的无缝集成允许“实时”样本清理，特别适用于激光显微切割工作流程。我们在人体扁桃体归档组织中验证了我们的方法，其中我们对空间定义的B细胞、T细胞和上皮微区的蛋白组进行了分析，微区大小为4000 μm。