改进的通过基因毒性大肠杆菌在类器官和结直肠癌中检测到的由大肠杆菌毒素引起的突变

与产大肠杆菌毒素的 pks+ 大肠杆菌菌株 (EcC) 共同培养的肠类器官揭示了在结直肠癌 (CRC) 中也发现的突变特征。尽管携带 pks 操作子并诱导双链 DNA 断裂，但大肠杆菌 Nissle 1917 (EcN) 仍然是一种常用的益生菌。我们基于大肠杆菌毒素诱导的突变的序列特征确定了 EcN 和三条来自 CRC 的 pks+ 大肠杆菌菌株的诱变性。所有菌株，包括 EcN，都表现出不同程度的诱变活性。此外，一种将个别突变归因于大肠杆菌毒素的机器学习方法表明，具有大肠杆菌毒素诱导的突变的患者诊断年龄更年轻，并且大肠杆菌毒素可以诱导特定的 APC 突变。这些方法使得在约 12% 的 CRC 基因组和整个外显子组测序数据中敏感地检测到大肠杆菌毒素诱导的突变成为可能，这代表着确定不同 pks+ 大肠杆菌菌株诱变活性的重要一步。