我们介绍了一种开源程序，能够将分子动力学轨迹转换为不连通图，提供对已遍历能量景观的简明且易于解释的可视化。我们的方法对每帧热力学轨迹（NVE/NVT中的势能或NPT系综中的焓）应用Savitzky–Golay平滑，以识别局部极值作为最低点和跃迁态的代理，并生成构建不连通图所需的文件。该工作流程不需要额外的几何优化。该方法与系综无关，兼容全原子和粗粒度模拟。对于一些代表性的生化系统，它在标准笔记本电脑上可以在几秒钟内处理10^4–10^5帧，并生成基础景观拓扑的近似表示。生成的图捕捉被访问的结构及其之间的路径，针对所选的能量和时间分辨率，提供了对构象层次的可解释结构摘要，后处理最小。由于极值直接从轨迹中检测，因此图反映了分子动力学时间尺度上探索区域的组织。我们的方法基本上用平滑时间序列中的局部最小值和最大值替代基本景观的真实平稳点。
Neuman等人（周五）研究了这个问题。