棕榈(棕榈科)在理解热带雨林的演化方面至关重要,因为它们具有漫长的进化历史、高物种丰富度和在这些生态系统中的超强主导地位。一些棕榈属,如Geonoma,在新热带雨林中物种丰富且数量众多,但导致它们分歧和最终多样化的因素仍然研究不足。最近的一项系统发育基因组学研究识别了Geonoma undata复合体,不同地理接近组的遗传特征高度独特,被描述为超隐秘辐射。在这里,我们试图理清在哥伦比亚北安第斯地区G. undata隐秘物种复合体中导致遗传分歧的因素,因为不同的形态可归于不同的分类学、形态学和基因组群体。为此,我们利用来自156个个体的4,000多个基因组区域的核单核苷酸多态性(SNP)追求三个主要目标。(i)我们识别了种群,并使用多样性指标理解这些种群之间的进化情景。地理上重叠的种群显示出与海拔分隔相关的异源选择的迹象。(ii)应用Tajima的D推断选择与漂变的广泛基因组趋势。一般来说,种群间的分歧通过种群扩张受到漂变的增强。(iii)最后,我们使用异常值分歧和选择统计量识别在显著正选择下表现出突出分歧的基因。我们识别出两个符合该描述的基因,并发现它们在光响应和开花时间等表型方面发挥功能作用。
Webster et al. (星期二) 研究了这个问题。