摘要 动机 现代计算生物学在很大程度上依赖于基础分析工作流的命令行工具，但将这些工具集成到基于R的分析中对再现性提出了重大挑战，尤其是对计算专业知识有限的研究人员。虽然R在统计分析和可视化方面表现出色，但其执行外部命令的本地能力仍然较为初级，缺乏结构化集成、环境管理和可靠的跨平台支持。 结果 为了解决这些限制，BLIT，一个R包，提供了一个统一框架，使得在R中无缝集成命令行成为可能，使R用户能够以直观的方式调用外部工具。BLIT强调对命令行工具的强大封装和协调，使用户能够在不离开R环境的情况下构建可再现的分析管道。BLIT将命令行程序封装为具有动态验证的R6对象，基于Micromamba的环境管理和本地管道支持。这使得BLIT成为R脚本与异构命令行生态系统之间的直接桥梁，取代脆弱的system()调用，提供一个强大、标准化的框架，支持条件执行和单机并行计算，并能够将构建的命令工作流传递给高性能计算调度器或工作流引擎以进行大规模执行。虽然BLIT的设计目标是生物信息学，但它为在R中构建可再现的分析管道提供了一种通用的平台无关解决方案。 可用性和实现 BLIT可在CRAN上获得（https://cran.r-project.org/package=blit）以及在GitHub上（https://github.com/WangLabCSU/blit）。
丁等（Sat，）研究了这个问题。