海洋微生物是全球海洋生物地球化学循环的驱动者，包括缺氧最小区（OMZs）。通过对16S rRNA基因的代谢条形码调查，我们研究了东热带北太平洋沿海、近海和边缘OMZ的原核生物群落及其与真菌的潜在相互作用。水样沿垂直氧梯度收集，并将大体积的水过滤通过三种尺寸分级，分别为0.22、2和22微米。群落组成沿氧梯度的变化主要由平克藻门、拟杆菌门、变形菌门和伽马变形菌门驱动；大多数已知是海洋多糖的降解者，通常与大颗粒相关的（LPA）群落有关。自由生活和小颗粒相关（SPA）群落中，氮酸菌门、阿尔法变形菌门、放线菌门和亚硝酸菌门的相对丰度较高。网络分析确定了在颗粒相关分级中真菌与原核生物之间的潜在相互作用，而这在海洋中被大大忽视。在SPA网络分析中，真菌扩增子序列变体（ASVs）与SAR11节点之间仅存在负相关。在LPA网络分析中，真菌ASVs与假单胞菌门、SAR324和热小核菌门表现出负相关和正相关。这些发现表明，三阶段尺寸分级过滤在提供海洋微生物生态学新见解方面的实用性。