在单细胞中同时测量染色质可及性、DNA甲基化和核小体相位

深入了解在个体细胞之间观察到的转录变异背后的调控机制需要开发能够测量单细胞中染色质组织的方法。在这里，我调整了核小体占有率和甲基组测序（NOMe-seq）以测量单细胞中的染色质可及性和内源性DNA甲基化（scNOMe-seq）。scNOMe-seq在DNase超敏感位点（DHSs）恢复了特征性的可及性和DNA甲基化模式。scNOMe-seq的一个优势是测序读取与可及性测量独立采样。因此，scNOMe-seq控制了片段丢失，这使得能够直接估算个体细胞中可及DHS比例。此外，scNOMe-seq提供了单个位点上染色质可及性的高分辨率，这被用来检测CTCF结合事件的足迹，并估算单细胞中的平均核小体相位距离。因此，scNOMe-seq非常适合表征异质细胞混合物中单细胞的染色质组织。