NetMHCpan-4.1 和 NetMHCIIpan-4.0：通过同时进行模体去卷积和整合 MS MHC 洗脱配体数据来改进 MHC 抗原呈现预测

主要组织相容性复合体（MHC）分子在细胞表面表达，向 T 细胞呈递肽，赋予其在 T 细胞免疫反应发展中的关键作用。MHC 分子主要有两种变体：MHC I 类（MHC-I）和 MHC II 类（MHC-II）。MHC-I 主要呈递来源于细胞内蛋白质的肽，而 MHC-II 主要呈递来源于细胞外蛋白质的肽。在这两种情况下，MHC 与抗原肽之间的结合是抗原呈现通路中选择性最高的一步。因此，预测肽与 MHC 的结合是一种强大的工具，可预测 T 细胞免疫反应的可能特异性。常见的 MHC 结合预测工具是基于结合亲和力或质谱洗脱配体进行训练的。然而，最近的研究表明，两种数据类型的整合可以提升预测表现。受到这一点的启发，我们在此展示 NetMHCpan-4.1 和 NetMHCIIpan-4.0，这两个网络服务器分别用于预测肽与 MHC-I 和 MHC-II 的结合。这两种方法利用量身定制的机器学习策略来整合不同的训练数据类型，达到先进的性能，超越了竞争对手。服务器可以访问 http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHCpan-4.1/ 和 http://www.cbs.dtu.dk/services/NetMHCIIpan-4.0/。