焦磷酸测序揭示橡树根际与周围土壤之间的细菌多样性差异

多项报告强调，森林土壤样本的门类丰富度高于农业土壤样本。然而，目前对森林土壤中细菌群落的结构和丰富度知之甚少。我们使用高通量下一代454焦磷酸测序，深入研究了栖息于橡树根际生态位和周围土壤的细菌群落多样性。从三个空间独立的土壤样本中，我们获得了超过300,000条部分16S rRNA基因序列。最丰富的细菌群体是酸杆菌、变形菌和未分类细菌。对不同门类相对比例的多因素分析揭示了根际和土壤环境中细菌群落的显著差异，表明存在橡树根际效应。与周围土壤相比，根际中居住着显著更多的β、γ以及未分类的变形菌。相反，在散装土壤中检测到了显著更多的未分类细菌，这表明土壤仍然是一个复杂性的具有挑战性的储存库。这项工作增加了我们对细菌多样性及栖息于土壤中的稀有系统发育群体的生态位效应的理解。