2013年的TIGRFAMs和基因组特性

TIGRFAMs，在线地址为http://www.jcvi.org/tigrfams，是一个蛋白质家族定义数据库。每个条目包含一个受信代表序列的种子比对，由该比对构建的隐马尔可夫模型（HMM），让自动注释管道决定哪些蛋白质是成员的截止分数，以及可转移到成员蛋白质上的注释。大多数TIGRFAMs模型被称为等价素，即它们为保留功能的蛋白质分配特定名称，这些蛋白质来自共同的祖先序列。描述功能上更为异质的家族的模型被称为亚家族或域，赋予较不具体但更广泛适用的注释。基因组特性数据库，在线地址为http://www.jcvi.org/genome-properties，具体说明了如何使用计算证据，包括TIGRFAMs HMM结果，来判断基因组中是否编码酶途径、蛋白质复合物或其他类型的分子子系统。TIGRFAMs和基因组特性内容的开发是相辅相成的，因为大多数基因组的子系统重建指导了蛋白质家族构建过程中种子比对序列和截止值的选择。这两个数据库在细菌和古菌的子系统方面有很强的专业性。目前，TIGRFAMs中出现了4284个模型，而基因组特性描述了628个系统。内容既来自于子系统发现工作，也来自于科学文献的生物注释。