使用网络分析探索土壤微生物群落的共现模式

探索通过高通量DNA测序技术生成的大型环境数据集需要新的分析方法，以超越对自然微生物群落组成和多样性的基本盘点描述。为了研究微生物分类群之间的潜在相互作用，对显著分类群共现模式的网络分析可能有助于解读跨空间或时间梯度的复杂微生物群落结构。在这里，我们计算了微生物分类群之间的关联，并将网络分析方法应用于一个包含来自151个不同生态系统类型土壤样本中超过16万个细菌和古菌序列的16S rRNA基因条形码测序数据集。我们描述了所得到的网络的拓扑结构，并根据丰度和占用定义了操作分类单元类别（即栖息地广泛种和栖息地特化种）。共现模式得以显现，包括一般的非随机关联、在广泛分类水平上的共同生活史策略以及社区成员之间意想不到的关系。总体而言，我们展示了探索分类群间相关性的潜力，以更全面地理解微生物群落结构及引导群落组成的生态规则。