土耳其家禽中肠杆菌科大肠杆菌的抗微生物耐药性菌株特征及全基因组测序分析

本研究考察了从土耳其家禽群体中分离的肠杆菌科大肠杆菌的表型抗微生物耐药性（AMR）及其遗传背景，特别关注了产扩展谱β-内酰胺酶（ESBL）菌株。共从鸡的盲肠样本（n = 745）和火鸡（n = 173）中获得918株大肠杆菌分离株，并使用琼脂糖盘扩散法进行抗微生物敏感性测试。总体观察到对泰乐菌素（99.6%）、氨苄西林（90.8%）和土霉素（84.0%）的高耐药率，而对第三代头孢菌素（头孢噻肟/头孢他啶）的耐药在11.4%的分离株中被检测到。值得注意的是，不同家禽公司之间的AMR特征表现出显著差异，表明在生产部门内存在异质的抗微生物选择压力。产ESBL的大肠杆菌分离株表现出高水平的多重耐药性，特别是对甲氧苄啶（91.4%）和氯霉素（90.5%）。对87株产ESBL大肠杆菌分离株进行的全基因组测序（WGS）鉴定出几种编码ESBL的基因，其中bla CTX-M-55为最常见（51.7%）。质粒分析显示，bla CTX-M-15与IncFIB复制子频繁关联，而bla CMY-2主要与IncHI2A和IncI1-I质粒类型连接。在硅分析中鉴定出44种不同的血清型和35种序列型（ST），其中O23:H4和ST1011最为常见，突出显示了与家禽相关的大肠杆菌的广泛种群结构。与致病性相关的基因在ESBL-producing分离株中广泛分布，主要与附着、铁获取、应激反应和分泌系统相关。据我们所知，本研究提供了土耳其家禽中共生大肠杆菌抗微生物耐药性首次全面的基于全基因组测序（WGS）分析，揭示了显著的公共卫生关注及增强监测策略的必要性。