基于核糖体蛋白基因的植物体内菌类系统发育，旨在更细致地区分和分类植物体内菌

基于来自12个植物体内菌16Sr组的46个植物体内菌菌株的16S rRNA基因及两个核糖体蛋白（rp）基因rplV（rpl22）和rpsC（rps3）的序列进行了广泛的系统发育分析。由rp基因推断的系统发育树与由16S rRNA基因推断的整体拓扑结构相似。然而，基于rp基因的树在分化植物体内菌与革兰阳性壁细菌之间的系统发育关系方面更为清晰。这两种系统发育分析均表明，植物体内菌形成了一个单系群。植物体内菌与无色菌属物种聚类，形成了一个并系群，而这个并系群中包含了其余的薄壁菌。薄壁菌最近的亲属是低G+C含量的革兰阳性细菌。使用16S rRNA基因和rp基因进行了比较系统发育分析，以评估它们在区分不同植物体内菌菌株方面的有效性。根据来自12个16Sr植物体内菌组的87个植物体内菌菌株的rp基因序列分析构建了一个系统发育树。植物体内菌之间的系统发育关系总体上与目前和之前研究中基于16S rRNA基因获取的结果一致。然而，基于rp基因的系统发育允许对植物体内菌16Sr组内不同谱系进行更细致的解析。rp基因序列的RFLP分析允许在给定的16Sr组内更精细地区分植物体内菌菌株。在本研究中，我们还设计了几种半通用和16Sr组特异的rp基因引物，可以用于扩增11种16Sr组植物体内菌。