GENESPACE 跟踪多个基因组中感兴趣的区域和基因拷贝数变化

多个分类群中多条染色体规模参考基因组序列的发展，提供了分子进化模式和过程的高分辨率视角。然而，在几乎所有真核生物系统中，跨多个基因组利用信息仍然是一个重大挑战。这些挑战包括研究染色体结构的进化，寻找定量性状基因位点的候选基因，以及检验有关物种形成和适应的假设。在这里，我们介绍了 GENESPACE，它通过整合保守的基因顺序和同源性，来定义跨多个基因组所有基因的预期物理位置，从而解决这些挑战。我们通过在三个生物组织水平上剖析存在-缺失、拷贝数和结构变化来展示这一实用性：涵盖了3亿年脊椎动物性别染色体的进化，跨越禾本科（草本植物）植物家族的多样性，以及在26个玉米品种之间。构建和可视化 GENESPACE R 包中的协同同源性的方法，显著补充了现有的基因家族和协同程序，特别是在多倍体、自交和其他复杂基因组中。