小分子和肽配体与HIV-1 TAR结合如何改变RNA运动景观

HIV-1 TAR RNA代表了一个著名的范例，用于研究动态和构象变化在RNA功能中的作用。这种调节RNA在与Tat蛋白及各种肽类和小分子配体结合时会改变构象，表明其构象灵活性和内在动态在分子识别中发挥重要作用。我们使用（13）C NMR弛豫实验检查了在三种不同亲和力和特异性的配体存在下HIV-1 TAR的运动景观的变化。这些配体分别是精氨酸酰胺、Tat基本结构域的线性肽类模拟物以及一种强效抑制Tat依赖性转录激活的环状肽。这三种分子在代表Tat结合位点的三个核苷酸突起内诱导了相同的运动特征。然而，环状肽在顶端环中具有独特的运动特征，这代表了必需宿主辅因子cyclin T1的结合位点。这些结果表明，所有Tat的肽类模拟物在该蛋白结合位点内诱导了相同的动态。但新的Tat环状肽模拟物代表了一类具有独特影响的配体，对顶端环的动态和结构产生不同的效果。