基于高得分片段对计算基因组间距离的标准操作程序

DNA-DNA 杂交 (DDH) 是一种广泛应用的湿实验室技术，用于估算两个生物体基因组之间的整体相似性。微生物学家选择以 DDH 为基础的原核生物物种概念，作为判断新物种识别的实用方法，同时与其他分类学领域相比，也允许相对较高的标准化程度。然而，DDH 繁琐且容易出错，首先不能用于逐步建立比较数据库。近期研究表明，可以使用基于计算的方法来替代 DDH。考虑到测序方法的迅速技术进步，基于基因组的原核生物分类学即将成为现实。然而，计算基因组间距离依赖于多个软件和程序设置的选择。在此，我们提供应用于基于高得分片段对 (HSPs) 或最大唯一匹配 (MUMs) 的距离方法的修改概述，并需要进行文档记录。同时提供使用 BLAST 或其他算法确定 HSPs 的一般建议。作为参考实现，我们介绍了 GGDC 网络服务器 (http://ggdc.gbdp.org)。