Microreact：可视化和分享基因组流行病学和系统地理学的数据

可视化常用于帮助我们解读复杂的数据集。在微生物基因组学中，作为树状图可视化多个基因组之间的关系为我们提供了一个框架，可以在此基础上添加相关数据（地理、时间、表型和流行病学）以生成假设并探索所研究系统的动态。因此，需要一种灵活、互动的软件，以便以用户友好的方式向包括训练有素的生物信息学家、前线流行病学家和卫生工作者在内的广泛终端用户展示种群基因组输出及相关数据。在这里，我们呈现Microreact，一个用于轻松可视化由任何树、地理、时间和相关元数据组合而成的数据集的网络应用程序。数据文件可以通过网络浏览器直接上传到Microreact，或通过链接其位置（例如，从Google Drive/Dropbox或通过API）进行上传，集成的可视化通过树、地图、时间线和表格提供对数据的互动查询。这个可视化可以作为永久的网页链接在合作者之间共享，或嵌入出版物中，以便读者探索和下载数据。Microreact可以作为任何最终生成树的工具或生物信息学流程的端点，并提供一种简单而强大的可视化方法，有助于研究和发现以及数据集的开放共享。