Protonate3D：大分子结构电离状态与氢原子坐标的分配

本文提出了一种名为 Protonate3D 的新方法，用于在给定大分子结构重原子 3D 坐标的情况下自动预测氢原子坐标。只要参数文件中提供了合适的模板，Protonate3D 就会考虑所有化学基团、配体和溶剂的侧链“翻转”（flip）、旋转异构体、互变异构体和电离状态。该能量模型包括范德华效应、库仑效应、溶剂化效应、旋转异构效应、互变异构效应和滴定效应。计算验证实验的结果表明，Protonate3D 能够准确预测大分子结构中氢原子的位置。