MINTbase v2.0：一个全面的tRNA衍生片段数据库，包括来自所有癌症基因组图谱项目的核和线粒体片段

MINTbase是一个包含在多个人体组织中发现的核和线粒体tRNA衍生片段（“tRFs”）的库。原始版本的MINTbase包含从768个转录组数据集中获得的tRFs。我们使用确定性和全面的tRF挖掘管道处理了所有的癌症基因组图谱数据集（TCGA）。我们识别了23,413个丰度≥ 1.0 reads-per-million (RPM) 的tRFs。为了方便社区对tRFs的进一步研究，我们刚刚发布了MINTbase的2.0版，该版本包含截至2017年10月的来自11,719个人类数据集的26,531个不同的人类tRFs的信息。关键的新元素包括：按最小丰度阈值即时过滤tRFs的能力；按组织关键词过滤tRFs的能力；轻松访问关于tRF最大丰度及其包含数据集的信息；跨癌症类型生成tRF的相对丰度图并将其转换为可嵌入的图形的能力；关于母体tRNA修饰的MODOMICS信息等。MINTbase 2.0版包含的数据信息是原始版本的15倍，独特tRF的数量几乎增加了4倍，但仍继续提供快速、互动的内容访问。MINTbase 2.0版可在http://cm.jefferson.edu/MINTbase/上免费下载。