肽映射的工作流程和软件工具已经进行了广泛优化和简化，以便于普遍使用。然而，尽管自上而下和中层工作流程提供了通过肽映射无法获得的有价值的蛋白质形式信息，但在用户专业知识、仪器设置、数据分析和结果验证方面仍然要求较高。目前的软件产品也没有针对目标蛋白质特征化工作流程进行定制，通常需要多个软件工具来完成数据分析。为了朝着使用单一软件工具的常规完整蛋白质特征化工作流程迈进，这里介绍了一个名为Proteoform Studio的自动化平台。Proteoform Studio具有完整的分析流程，允许用户设置仪器运行、修改采集方法、迅速解卷数据以定义完整质量特征、搜索结果以识别蛋白质形式，并通过自动聚合碎片结果获得最高质量的蛋白质形式特征化。此外，针对信噪比和同位素拟合分数的碎片离子匹配设置被确定，产生了与手动验证结果高度一致的自动匹配结果，从而减少了耗时的手动验证需求。利用Proteoform Studio分析，采用中层方法以自动化方式实现了轻链（Lc）和重链N端（Fd）抗体亚单位超过80％的序列覆盖。这些序列覆盖结果利用了来自不同碎片化方法的光谱结果的聚合，以利用互补的碎片离子形成。总体而言，引入自动化抗体亚单位分析的软件将降低进入门槛，消除数据分析瓶颈，推动生物制药检测的采用，最终实现更精确的治疗性蛋白质形式景观特征化。
Carfagno等人（Mon，）研究了这个问题。