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基于分子动力学的自由能计算允许从小分子的计算机模拟中确定各种热力学量。热力学积分（TI）计算在创建或消灭粒子时可能会出现不稳定性。这个“奇点”问题可以通过“软核”势函数来解决，这种势函数在所有构型下保持成对相互作用能量有限，并提供平滑的自由能曲线。“一步法”变换同时修改静电力和范德华力，可能比“二步法”变换更简单、成本更低，因为后者在单独的计算中改变这些属性。在这里，我们使用这两种模型研究了不同疏水性分子的溶剂化自由能。我们提供了控制软核伦纳德-琼斯和库仑势行为的两个参数α(LJ)和β(C)的推荐值，并比较了一步法和二步法变换在数值积分中的适用性。对于许多类型的变换，一步法程序提供了一种便利且准确的自由能估计方法.
Steinbrecher等人（Sat，）研究了这个问题。