局部构象控制功能的范式：在S7存在下，核糖体蛋白S19与大肠杆菌16S rRNA的结合对于m2G966的甲基化是必需的，并阻碍了m5C967被其各自的甲基转移酶的甲基化。

我们部分纯化了两种特异性针对16S rRNA的甲基转移酶，其中一种形成m2G966（m2G MT），另一种形成m5C967（m5C MT）。m2G MT使用未甲基化的30S亚基作为底物，但不使用自由未甲基化的16S rRNA，而m5C MT则相反，使用自由rRNA但不使用30S亚基（Nègre, D., Weitzmann, C. 和 Ofengand, J. (1990) UCLA研讨会：核酸甲基化（Alan Liss, 纽约）, pp. 1-17）。我们现在已经确定了这种相邻核苷酸上不寻常的反向特异性的基础。核糖体蛋白S7、S9和S19单独和在所有可能组合中与未修饰的16S rRNA结合显示，S7和S19的结合足以阻止m5C MT的甲基化，同时诱导m2G MT的甲基化。分离得到的含有比例适量的S7、S9和S19蛋白的纯化复合体与16S rRNA结合，展示出与30S亚基相同的甲基化特性，即能够被m2G MT甲基化但不能被m5C MT甲基化。由于S19的结合需要先行结合S7，而S7单独结合时对甲基化没有影响，我们将甲基转移酶特异性的转换归因于由RNA结合的S19的存在。缺乏S19的30S亚基的单次缺失重构产生了无法被这两种酶有效甲基化的颗粒。因此，虽然S19的结合既是必要的又是充分的，将16S rRNA转化为m2G MT的底物，但仅存在S19或与16S rRNA结合的其他蛋白或组合可以消除m5C MT的活性。已知S19与16S rRNA的结合会引起围绕两个甲基化核苷酸的960-975茎环结构的局部构象变化（Powers, T., Changchien, L.-M., Craven, G. 和 Noller, H.F. (1988) J. Mol. Biol. 200, 309-319）。我们的结果表明，本研究中研究的两种核糖体RNA的MT对这种小但功能上重要的结构变化极其敏感。