通过将长读测序与单细胞和空间转录组学相结合来理解同源物表达

RNA同源物多样性是通过可变剪接以及转录起始和聚腺苷酸化位点的替代使用产生的，导致同一基因衍生出多种转录本。不同的同源物在生物学上可能扮演重要角色，包括通过改变蛋白质产物的序列或表达水平。最初的单细胞RNA测序方法——后来发展出来的空间方法——目前广泛用于识别差异表达基因，基于短读段，能够在转录组上比较不同细胞类型，但在测量差异同源物表达方面受到限制。最近，长读测序方法与单细胞和空间技术相结合，以表征同源物表达。在本综述中，我们提供了单细胞和空间长读测序出现的概述，并讨论与这些技术的实施及数据解释相关的挑战。我们讨论了它们在理解转录分子不同可变元素之间关系方面提供的机遇，并强调了它们用于表征同源物在发育和病理中作用的一些方式。单核长读测序，作为单细胞方法的一个特殊案例，也进行了讨论。我们尝试涵盖这些技术的局限性及其对扩展我们对RNA同源物生物学作用的有限理解的显著潜力。