呼吸道合胞病毒M2-1蛋白与病毒信使RNA及特定细胞信使RNA转录本非特异性结合

呼吸道合胞病毒（RSV）是婴儿和老年人呼吸系统疾病的主要原因。RSV是一种非分段的负链RNA病毒。病毒的M2-1蛋白在病毒转录中起关键作用，作为延伸因子使全长mRNA的合成成为可能。M2-1含有在相关的人类旁流感病毒M2-1蛋白和丝状病毒VP30蛋白中保守的非寻常CCCH锌指结构。先前的生化研究表明，RSV M2-1可能与特定的病毒RNA序列结合，例如转录基因末端信号或聚A尾，但尚无关于RSV结合的序列的明确共识。为了确定M2-1在感染过程中是否与特定的RSV RNA序列结合，我们在感染后8小时和18小时通过与RNA测序交联免疫沉淀（CLIP-Seq）映射了M2-1：RNA相互作用的点。该分析揭示M2-1特异性地与正义RSV RNA相互作用，而不是与负义基因组RNA相互作用。它还显示M2-1在每个病毒mRNA的整个长度上均有接触，指示M2-1作为转录酶复合物的组成部分，暂时与从聚合酶中挤出的新生mRNA结合。此外，我们发现M2-1结合特定的细胞mRNA。与RSV mRNA的情况相比，M2-1在细胞mRNA中结合离散的位点，更倾向于A/U富集序列。这些结果表明，除了之前描述的转录延伸作用外，M2-1可能还在细胞RNA相互作用中发挥额外的作用。