Colil：生命科学领域引用语境数据库及检索服务

背景：为了促进特定研究领域的研究活动，高效识别该领域的当前研究趋势、进展和问题至关重要。尽管该领域内的综述论文通常能够满足这一目的，但研究人员在需要时未必能从其感兴趣的研究角度获取这些论文。因此，利用某一研究领域内论文的引用语境已被视为另一种途径。然而，生命科学领域用于检索引用语境的检索服务极少；此外，由于生命科学论文数量庞大且增长迅速，高效获取引用语境正变得日益困难。结果：在此，我们介绍了用于存储生命科学领域引用语境的 Colil (Comments on Literature in Literature) 数据库。通过使用资源描述框架 (RDF) 和新编制的词汇表，我们构建了 Colil 数据库，并使其可通过 SPARQL 端点进行访问。此外，我们开发了一个名为 Colil 的基于 Web 的检索服务，该服务可在 Colil 数据库中检索被引论文，并返回其引用语境列表以及基于同被引（co-citations）的相关论文。Colil 数据库中的引用语境是从 PubMed Central Open Access Subset (PMC-OAS) 的全文论文中提取的，其中包含 PubMed 收录的 545,147 篇论文。这些论文分布在 3,171 种期刊中，并引用了 5,136,741 篇独立论文，约占 PubMed 条目总数的 25 %。结论：通过利用 Colil，研究人员可以轻松查阅针对目标论文的一组引用语境以及基于同被引的相关论文。Colil 有助于研究人员更高效地理解某一研究领域的生命科学论文，并提升其生物学研究的效率。