水稻（Oryza sativa L.）微卫星标记面板的设计与应用

摘要 本研究的目的是开发一种系统性和灵活的方法，用于组装多重简单序列重复（SSR）标记面板，以便在水稻Oryza sativa中进行高通量基因组分析，并在一组栽培水稻种质上测试这些面板。为此，159个微卫星标记被荧光标记并组装成21个多重面板，便于半自动基因分型，为12条水稻染色体提供了全基因组覆盖。每个面板平均由八个标记组成，分布在全基因组大约11-中心摩根（cM）间隔上。在一组13种基因多样性的Oryza栽培品种上，这些标记每个位点平均检测到五个等位基因，平均多态信息含量（P.I.C.值）为0.67。对每个标记的聚合酶链反应（PCR）进行了优化，以生成均匀数量的PCR产物，每对引物在重复试验中评估了等位基因大小估计的可靠性。对情况中等位基因分子量标准差大于0.5个碱基对（bp）的PCR产物使用T4 DNA聚合酶处理。这种处理减少了方差，使得在这里报告的多重组中，平均标准差/标记为0.24 bp，允许准确区分变化一个碱基的等位基因。然后，将得到的等位基因大小数据输入GeneFlow分析软件，以评估不同水稻品种之间的多态性模式。基于高度多态性和更保守的SSR标记设计多重面板的自动化软件工具的使用，开发出了一个高信息量的半自动基因分型系统，用于水稻遗传学和育种的应用。